，设伏的“蓝衣社”几名特务突然从路边冲出，将杨杏佛乱枪杀害。
蔡元培闻讯后即驱车前往现场查看，随后到医院瞻礼杨杏佛遗体，集结同仁商讨善后事宜。同日，他以中研院长的身份致电汪精卫、林森，要求立即“饬属缉凶，以维法纪”。
参加杨杏佛公祭的鲁迅说：“今天蔡先生是去的，他很悲哀。……打死杨杏佛，原是对于孙夫人和蔡先生的警告，但他们两人是坚决的。”
杨杏佛的事直接导致了民权保障同盟在无形中解散，但这没有阻挡住蔡元培人权事业的脚步。
1933年10月，著名新闻人邹韬奋主编的《生活周刊》因为宣扬民主、抗日而被国民党当局查封，蔡元培连发两电要求解禁。
1934年2月， 员、国民党的老同志何香凝之婿李少石被抓，蔡元培参与营救，与张静江等设法将其保释。
同年9月，著名史学家范文澜在北平被国民党宪兵逮捕，蔡元培即致信给汪精卫，促请其下令释放。
1935年2月，共.产党的重要领导人瞿秋白被国民党捕获，蔡元培知道国民党对付 人的手段，他即在国民党中央干部会议上力为辩护，他说像瞿秋白这样的天才在中国不可多得，绝不能杀。
总之，抗战全面爆发的前几年，为保护进步人士，蔡元培不避凶险，付出了巨大的努力。
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