政府的“首都大学”中央大学连续发生学.潮，拒绝和殴伤校长，政府强令解散该大学。其后成立“中央大学整理委员会”，蔡再次救急，出任该委员会的委员长，亲到南京，与学校师生代表沟通。
而对于国民党内层出不穷的派系之争，蔡以元老身份尽力排解，力求化干戈为玉帛，维系政治统一，此种努力在“九一八”事变后国难深重关头，尤具特别意义。
不过，蔡元培也曾经历过风险。这一年12月15日，北平各校南下示威学生与南京本地学生数百人在中央党部门前示威请愿，一时间群情激奋。蔡元培与陈铭枢被委派出来接见学生，蔡未及数语，即被学生拖下殴打，陈则被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。
据报载：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重”，后被解救送往医院，所幸无大碍。这就是后来被有些新闻记者所渲染的“蔡元培遭绑架”事件。蔡元培事后对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对“学风沦替”也深感忧虑。
可是，从事党政活动的“超然”姿态，并不意味着内心深处全无评判，更不等于对现存秩序的麻木迁就。蔡元培本来即是一个是非心极强的知识分子，置身政治舞台，对于自己周围的“党内同志”也自有一番观察和评判，只不过此种“自由议论”不轻易向外界道及而已。
1931年“九一八”事变，东北大片国土沦丧，不久，“一?二八”事变爆发，日本侵略军在上海狂轰滥炸，形势危急。此刻，蔡元培忧心如焚，郁积胸中的不满终于在1932年2月初中央研究院的一次活动中倾泄出来。
他在一次在作时局报告时，先说明他前次留在南京维持危局的苦衷，后来又表示对国民党前途的悲观。他第一个指斥的是宋子文，他说当美国劝阻日军进占锦州时，日军暂按兵不动，那时宋子文便邀拉西曼氏纵酒狂欢，庆祝胜利，谁知不久，日军便进占锦州了。这些地方便表现出宋子文是怎样的幼稚。“宋少不更事，固不足论。最可怪的要算所谓党国的领袖第一，胡展堂那位先生，在和会（即宁粤和谈）以前满口承诺合作，对于既往概不追究，而在和会时，他便首先作梗；在和会以后，他又负气不到南京，自己在广州组织起三个委员会来。
讲到蒋介石，蔡元培言道：“他的专横独裁，实为古今中外罕有，只要看他的政府，一切措施无不出自私心，财政部长辞职时，他可以将一切事务官完全引跑了，他们的薪水非但分文不欠，并且他们临走的时候，还每人发干薪两月，而其他各部人员的薪水都欠几个月，教育（部）竟积欠几百万。蒋临走的时候，还请了三位军人做省政府主席，他的合作精神及和平诚意，已可见一般。”
在报告中，蔡忧心重重，深感“时局艰难，政治尤一无办法”，言下不胜唏嘘。
这一通牢骚和议论，可谓如梗在喉，不吐不快，其中涉及的对日外交内幕、宁粤和谈经过、蒋氏二次下野前的部署等细节，非局内之人难以道及。
蔡元培以党国元老和国民党中央监察委员的身份，在一系列事件中，处处与国民党的政治举措唱对台戏，让南京国民党当局一部分主政者极为恼火，遂对蔡元培发出警告以至于恐吓和威胁。
1932年11月，国民党南京市党部对蔡元培、杨杏佛营救陈独秀的做法提出书面警告，指其“为清议所不值”“徇于私情，曲加保护，为反动张目”。又于次年2月10日要求解散民权保障同盟，并对蔡元培、宋庆龄提出警告，指责“蔡元培、宋庆龄等擅组民权保障同盟，发表宣言，保障反革命及共.党要犯，实破坏本党威信，逾越中委职权”。
1933年6月18日，民权保障同盟总干事、中国人权运动先驱杨杏佛带着儿子驾车外出，至上海亚尔培路时
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