逝后，蔡元培受其家人的委托，对七十多册李氏日记曾作过初步整理，以备刻印。其后，沈曾植、缪荃孙、刘翰怡等人曾先后筹划过印行该日记，但终未能实现。
1919年初，蔡元培得知李慈铭的藏书将出售，立即与友人商定，“仿曾湘乡日记例”，以影印方式刊出此日记。
他约请张弧、傅增湘、王幼山、王式通四人作为发起人，谋求社会的支持，得到李的故友和文化出版界人士的大力赞助。
蔡元培随后与主持商务印书馆的张元济商定了出版事宜。
此刻，他闲居沪、杭，正好可以专心于日记的编印。期间，李慈铭之侄李璧臣带来日记64册（其余9册由樊增祥取走），蔡元培翻检后经与李璧臣商量，决定先印同治癸亥至光绪戊子，即1863年——1888的日记本51册，取名《越缦堂日记》，，以浙江公会名义付印。此后，从送交书稿、审定书样到题签书名，包括议定书价，蔡元培都是亲历亲为。至1920年，《越缦堂日记》终于与读者见面。
但在此期间，五四运动并没有停歇，运动在 之中，实现了广大师生和社会各阶层、各团体、各派别的大联合。汇聚成强大的社会力量，形成了强大的社会压力，尤其是津沪工商界的强力介入给北京政.府以“最严重的打击” ，终使北京政.府败下阵来。
6月10日,北.京.当.局不得不发布命令，宣布“批准”曹、章、陆辞职并改组政.府；6月28日，中国代表奉命拒签“巴黎和约”。至此，五四运动“外争主权，内惩国贼”的目的已经达到，在政治上获得大胜。
但学生的运动并未就此结束，因为运动的另一个目的——“挽蔡”还没有实现。6月17日教育部曾发布训令，调胡仁源“到部办事”，意欲缓解；同日国务院、教育部分别致电蔡元培，曰“学.潮已息，校事亟待主持……务希早日莅止，以副群望”云云，同时派部员前往杭州“面致忱悃”，表现出迎蔡回校的积极姿态。
蔡元培对此很冷静，他很清楚，17日训令虽然“调胡到部办事”，但并未撤销6日的“任胡署校”令，故他于20日分别复电院、部，“敢求转请大总统俯赐解职，别任贤能”，辞意仍坚。
一场“拒蔡”和“迎蔡”的较量随后又接着展开：一方面是安福系频施小动作，煽动少数对北大不满的师生“迎胡拒蔡”；另一方面是广大师生和知识界呼吁“迎蔡拒胡”。
直到7月9日，在广大师生和社会各界的呼声之中，加之众多朋友于公于私的劝慰，蔡元培态度终于转变。
他于9日复电教育总长，说“宁敢固执己见”，并允“谨当暂任维持，共图补救”。
同时，蔡元培致电全国学生联合会等有关团体，表示尊重“诸君雅意”和“各方责望”，“不容坚持初志”，公开宣告了返校复职的决定。
其后，尽管安福系仍负隅顽抗，收买少数师生上演“迎胡拒蔡”闹剧，并在媒体上对蔡元培和北大造谣诬蔑，但这一切都已经无济于事了。
1919年7月23日，蔡元培发表了《告北大学生暨全国学生联合会书》，进一步阐述了他学术之上、文化建国的理念。他说：“诸君自五月四日以来，为唤醒全国国民爱国心起见，不惜牺牲神圣之学术，以从事于救国之运动。全国国民，既动于诸君之热诚，而不敢自外，急起直追，各尽其一分子之责任。即当局也了然于爱国心之可以救国，而容纳国民之要求。在诸君唤醒国民之任务，至矣尽矣，无以复加矣……然诸君自身，岂亦愿永羁于此等连带关系之中，而忘其所牺牲之重任乎？”
7月30日，北.京.当.局正式发布大总统令，宣布胡仁源“调部任用，准免署职”。蔡元培回北大复职的最后一个障碍也排除了，至此，对
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