理学及法律哲学、美学、宗教哲学。认识论一编中，他着重论述了有关哲学“认识之概念、主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识、认识之程度”等几个问题。
蔡元培说：“哲学之认识同伦理之认识，对于真理或非真理所作正确之判断是也。认识分之为主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识，为其对象不同而性质亦有不同也。奉体论论述了何为本体论及世界之实在及性质几个问题。”
他对唯物论、实质唯识论、二元论一元论部分则分别作了说明。
关于世界“全体之实在及性质，则又举无神论、泛神论及有神论”三者予以阐明。
价值篇一编，他说“价值即意识悬一种之鹄的而欲有以达之。后则分道德、宗教思想、美学观念叙述之”。
关于哲学方面，蔡元培还有《怎样研究哲学》、《哲学要领》、《妖怪学讲义》等一系列的文章和著作。
他所以如此重视哲学问题，是因为在他看来，宋代以后，中国的哲学便趋于僵化了，到了清代，几乎无哲学思辨可言。这种学术状况，是导致近代中国全面落后的要因之一。欲救此弊，便应当大力学习西方先进的学术成果，创造中西合璧的新文化。因此，大力向国人介绍西洋的哲学就成为当务之急。
1915年春，日本向中国提出的“二十一条”披露于报端，留法学界闻悉群情激愤，汪精卫、李石曾、谭熙鸿等纷纷来到蔡元培的住处，共商对策。蔡元培依据大家议论的意见，草拟《华人御侮会会章》七条。
所拟条文倒是简明扼要，其主要内容为：
（一）、本会以凭籍己力（不倚赖政府，不倚赖军队）、济度同胞、排除外侮为宗旨。
（二）、本会会员应尽之普通责任：1、锻炼体魄；2、了解并自备适当之武器，如匕首、炸弹、手枪、毒物等；3、养成抑强扶弱之习惯；4、力持可杀不可辱之气节；5、见敌人侮我同胞者击之，事变如有株连，则挺身任之；6、不购敌人货物（书报及武器例外），7、不乘敌人船舶；8、不与敌人之银行交易，亦不用其钞票；9、不租屋给敌人；10、不售地产给敌人；11、不服役于敌人；12、华人有犯，竭力劝止之；13、有华人助敌而侮我同胞者，诛之。
（三）、本会会员得量力以尽之特别责任：1、入敌境而侦探之；2、入敌境而以相当之手段破坏敌侮我之阴谋及武器。
（四）、本会劝导同胞之种种设备：1、印刷品；2、公开或秘密的演讲会。
（五）、本会为会员尽责提供各种便利条件，如采运廉价货物，增设交通机关；收购地产，介绍职业；制备各种武器等。
此外还有与各国革命党联络之类。
在章程提出讨论时，蔡元培还是想有所动作的，他说：“日本竟下辣手，虽以我等之奄奄如陈死人者，亦大为之刺激，以为不可不采一种急进之方法，以为防御。”
汪精卫提出，此会本属秘密性质，不必用会名，也无须会章，“但言抵抗强权之办法亦可”，得到大家的同意。
对于是否应立即付诸行动，李石曾“仍持先筹万国革命之说，又颇谓日本之事，似尚有从容对付之余地，不可过于张皇云云”。
汪精卫则认为，“万国革命，缓不济急，目前只能持抵抗日本之惟一主义”，并打算先到南洋后根据局势发展再定或急或缓的应对办法。所谓“急”法，就是“归国效死”。所谓“缓”法，则是“筹款以设机关”。谭熙鸿提出，如果是设机关，最好是设立学校，“行精神教育”。
虽然，最终华人御侮会只停留在口头上，但在民族主义进一步觉醒的时代，这反映了蔡元培等中华民族先进分子较为清醒的、自主的爱国意识，自觉、自动
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