称王，牛金星认为不可，于是李自成改襄阳为襄京，设奉天倡义文武大元帅府，自任文武大元帅，并分设官职：
设丞相1人，由牛金星担负。下设吏、户、礼、兵、刑、工“六部”，分辨由喻上猷(进士、原御史)、萧应坤(进士、原江西布政使)、杨永裕(进士、原钦天监博士)、李振声(进士、原巡按御史，李振声实际上未降，其职后由丘之陶接任)、邓岩忠(贡士)、姚锡胤任侍郎。
外官则设防御史、府尹、州牧、县令等职。李自成设官的地区，大致有南阳府、信阳府、汝宁府，湖广的承天府(改称扬武州)、荆州府、德安府(改称安陆府)、襄阳府等。后来李自成的权势又扩大到长江以南地区。
李自成同时对部队进行了整理和改革。他把部队划分成两种：一是攻城略地的“五营”，一是镇守各地的处所军。
五营”设权将军二人，即田见秀、刘宗敏。田见秀负责提督诸营，刘宗敏则负责中权亲军。
除“五营”以外，李自成还建立一支分镇各地的守卫部队。他根据先守襄阳，次及承天、德安，再渐及汝宁的宗旨，设卫置帅，分驻各地。
在政权建设的同时，李自成用血腥手段扫除异己，以独揽大权，建立起自己的尽对权威。
首当其冲的是曹操罗汝才、革里眼贺一龙。
曹操罗汝才是最早的陕北农民领袖之一，实力较强。在李自成陕西大败而躲进山中不敢露面时，罗汝才却与张献忠一起，正闹得红火。后因与张献忠合不来，罗汝才便与李自成合营，横扫河南，又下湖广，其贡献和实力并不比李自成逊色。李自成自封“奉天倡义营文武大元帅”时，也给罗汝才封了一个“代天抚民德威大将军”，但罗汝才无权向全军发布号召。
革里眼贺一龙，则是“革、左五营”的领头人物。他与老回回马守应一起，领导“革、左五营”长期运动在安徽。即使在李自成被击溃、张献忠、罗汝才投降这一最艰苦的时代，他们也从未动摇。“革、左五营”基础上是独立作战的，曾与张献忠联过手，后见李自成在河南打得顺手，便移师河南与他联手，直至湖广。“革、左五营”的实力仅次于李自成、罗汝才。
李自成要独揽大权，必须除掉罗汝才、贺一龙等人，由于罗汝才、贺一龙等人也是实力强劲的竞争者。当时的形势是，要么仨支气力散伙，重新各自为战，要么决出胜者，统率全军。于是李自成便先下手为强，抢先动了手。
李自成在安排妥当后，邀请罗汝才、贺一龙到老营赴宴。罗汝才借故未往。而贺一龙却应邀而至，被乱刀杀逝世。第二天一早，李自成亲率精骑百人，谎称有事相商，把罗汝才在卧室杀逝世，随即发布其罪状(自然是通敌)，安抚其部众。
罗汝才、贺一龙的部众虽有不少叛逃的，但大部仍在，被收编进李自成营中。老回回马守应当时正在率兵攻打澧州(今湖南澧县)，闻讯大惊，不敢再回到李自成的身边。李自成百般收买，授其“永辅营英武将军”称号，并送他一颗重四十八两的金印，却都被拒尽。马守应最后病逝世，其部众大多回了张献忠。革、左五营的其他三位首领，即左金王贺锦、治世王刘希尧、争世王蔺养成，则乖乖地做了李自成的部下。不久，李自成还纵兵消灭了运动于河南的小袁营，其首领袁时中被杀。
至此，李自成已是大权独揽的农民领袖了。他的下一个目标就是陕西。
但是他也没忘了让他如鲠在喉的山西窑岗的张知木。牛金星看出来，李自成对张知木放心不下，怕他分心耽误篡夺陕西的大事儿，分析说：“我们知道，山西连年大旱，张知木就是由于从江南运回来粮食才在山西站住了脚，我们要是把他的粮道和商道给截断，他们就会自生自灭，不足为虑。”
李自成固然对牛金星的话半信半疑，可是当务之急是对付陕西这边，还没有时间全力对付张知木。因此就采用牛金星的建议，从洛阳派船出来封闭黄河水道。由于洛阳盘踞一个很好的地位，从这里的洛河出往正好可以截断黄河水道。而且战船回到洛阳休整也十分方便。假如逼得山西人穿越太行山，山路不好走，还要绕很大一圈儿。运力会大大的降落不说，运输用度就会耗掉大部分利润。
这一招不能不说牛金星看得准出的妙，他真的捅到了窑岗的痛处。不然黄河开化了，好多东西比如二氧化锰矿石和磷灰石、粮食等，就应当运到窑岗来了。这些都是窑岗急需的。
应当说这一招确实见到了效果，全部窑岗一切顺利发展的势头硬是给拦阻了下来。好在窑岗还有自己的后手，蒸汽船的改革就要完成。
事情总是有好有坏，第二天张知木一上班儿，就连着来了两件好事儿。一个是那个金属钴的研究小组制取了金属钴；第二个是铜矿那边炼铜的同时炼出了金属锌。
炼出金属锌张知木有思想筹备，由于实验时已经炼出了金属锌，他们投进身产以后，只是将实验成果产业化了。让张知木没想到的是，这几个人这么快的就制取了金属钴，尽管这些金属钴很少，可是阐明他们控制
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