李渊还是低估了关陇贵族对于自身利益维护，高看了自己对李唐王朝的掌控，导致他天真的认为失去诸多家主之后，各家私人部曲是一盘散沙，不成气候，这才悠哉悠哉的坐等囚禁在独孤府的关陇贵族发生内讧，然后以和平手段收回各家军队为己用。孰料，就在他囚禁了诸多关陇贵族家主数日，房陵郡上庸县忽然传来的消息，给了他一记沉重打击。
以独孤氏为首的独孤派的私人部曲集结于上庸县，除了独孤氏的部曲以外，还有‘北周八柱国’后裔于氏、赵氏、侯莫陈氏，‘北周二十四将’后裔达奚氏、贺兰氏、田氏、常氏、怡氏、辛氏、梁氏、王氏、韦氏、韩氏、赫连氏、若干氏……林林总总计有三十二家，绝大多数都是‘八柱国二十四将’后裔。可见，根深蒂固的老牌关陇贵族始终是以独孤氏为首，并无几家买新兴贵族窦氏的账。
这既是独孤整用一生时间维护所致，也是老牌关陇贵族对新兴关陇势力的不屑，更关键是大隋王朝蒸蒸日上，而李唐王朝岌岌可危的处境，要是隋唐两朝易地而处，独孤氏绝不可能拉到这么多家族跟他们谋反。
值得李唐王朝庆幸的是参与叛乱的世家门阀数目虽多，但是很多家族的私人部曲要么还在益州，要么在路上，所以集结于上庸的军队只有三万余众，这是各家部曲心忧陷落于襄阳的家主，提前起事所致，要是再等上几天，恐怕就不止是三万人了。
这三万余名装备精良、训练有素的军队以独孤彦云为帅、独孤卿云为副帅，于仲文之子于钦明为左行军司马、贺兰师仁为右行军司马。
独孤彦云不负独孤澄之所望，他接管全军的第一步不是立即出兵，而是就地整编。
为了避免战事不顺之时出现哪家出力多、哪家出力少、哪家牺牲多、哪家牺牲少等等争论，独孤彦云索性将这些问题都摆到台面上说，和各家代表开诚布公的进行了商议、探讨。并提出了将全军打乱、打散，重新组建什、队、旅、团等作战体系的概念，目的是将三万余名将士凝成一支比较正规的军队，而不是三十多个小团体。如此一来，大家你中有我、我中有你，打仗的时候以军队的编制出击，就不会存在谁家出力多、谁家牺牲多、谁家打硬仗之类的纠纷了。
各家代表都是被家主提拔上来的出类拔萃之士，见识和能力远超常人，心知独孤彦云的顾虑很有必要，毫不犹豫就采纳了打散重编的建议，扣除各人的亲兵之后，得兵三万，然后效仿隋朝军制，成立六师，推出六名虎贲将军、十二名左右虎牙将军，六师之下设有三十卫，由各家主将推荐三十名鹰扬郎将、六十名左右郎将，校尉也由他们推荐上来，至于正副旅帅、正副队正、什长这种底层武官，由士兵们以武争夺。
经过两天时间的紧张整编、选拔，一支人数三万的正规军正式成立，他们打出了‘清君侧、除奸佞、正朝纲’的旗号，浩浩荡荡的杀向襄阳。
就在这支军队集结于上庸之际，县令见势不妙，第一时间派人往前襄阳，向李渊紧急汇报。
异常震惊的李渊紧急召集重臣在武德殿商议对策。
武德殿内，百多名文武重臣聚集一堂，将信函传阅一遍过后，空荡荡的大殿之内鸦雀无声、针落可闻。
李渊此时已经从震惊震怒之中回过了神来，他语气凝重的说道：“朕没料到自己最倚重、最信赖一群人，竟然背叛了朕、背叛了牺牲无数关中儿郎才建立起来的大唐王朝。朕明明知道他们有不轨之心，明明抓住了有利的证据，可也只是禁止他们行动而已，若是有心伤害他们，哪会等到现在还不下手？可他们呢？”
“他们不但不念朕之仁义，反而召集三万多名将士向大唐国都进军，‘清君侧’不过是一个冠冕堂皇的借口，这分明就是想推翻朕的大唐，将朕的人头和大唐江山献给杨侗，以求杨侗
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