第二次忍界大战中，空之国空忍者村仗着高科技与五大国为敌，被木叶村击败。空忍者村首领神农带着残余分子远走海外建设基地，猥琐发育，积蓄气力。
逝世灰复燃的空忍村眼看连航空母舰都发展出来了，磨刀霍霍，想再等三四年筹备充分后，就能展开复仇大计。但空忍村由于几乎与世隔尽，消息闭塞。得知横空降生的《坚毅忍者传》续集的信息慢了好几拍。
奈良鹿九根据书中少量线索，推测出空忍村余孽大致方位和领域。
三代火影猿飞日斩抱着宁可信其有，不可信其无的态度。果断派遣忍者部队，远赴海外侦察。各种侦察忍者各显神通，找到空忍村余孽并予以毁灭性打击。
空忍村的忍者个体气力和其他忍者村相比，就是战五渣。被木叶村忍者部队摸到老巢突袭后，一败涂地。连航空母舰都被油女一族忍者的虫子啃食殆尽。
只有少数荣幸儿逃过一劫，借助飞行机逃跑。这还是由于远征的木叶村忍者部队人数捉襟见肘的缘故。木叶忍者以少胜多也就算了，全歼敌人就不可能了。
空忍村败得如此轻易，还有一个原因是这种要害时刻，首领神农不在。群龙无首之下，又无精彩人才主持大局，岂有不败之理？
神农当时之所以不在，是由于他拟定好发展方案后，就将种田发展交给手下操心，自己当了甩手掌柜，已经十年多没有回往了。
这是由于败给木叶村后，他就醉心于寻找新的壮大气力，比如说尾兽。可是尾兽已经被各个忍者村瓜分殆尽，而且他的正面战斗力也不强，打不过人柱力。
但他还有一根救命稻草，那是他早年偶然间从古籍中得知的关于零尾、零尾回生之卷轴的只言片语。并深信不疑，或者说不得不信，这是他最后的盼看。
他有很高的黑暗医疗忍术成就，也有必定的研究成果。但是巧妇难为无米之炊，就差足够的黑暗查克拉。假如能得到零尾的黑暗查克拉，他的实力就可以无需日积月累的修行锤炼，一步登天。为了得到零尾的术式，他假装成流浪医生，潜进各国村庄暗中打探消息，但是一无所获。
当他后知后觉知道《坚毅忍者传》续集后，大感不妙，但为时已晚。
果然，后来残存的旧部接洽到他。他得知多年血汗和基业一朝覆灭，气急攻心。更令他几欲吐血的是，木叶村做事滴水不漏，木叶村忍者在火之国雨林边境的村四周，找到空忍村遗址吴哥要塞——安克尔·班迪安（王都要塞的意思），并将其摧毁。
严格说来，这座有足够能源支撑就能飞行的石头构成的吴哥要塞才是空忍村的主体和象征，本身也是一个究极兵器。只是当年仓促逃窜的空忍村忍者来不及带走，才不得不躲在毒物众多、危机四伏的雨林。
神农本来还理想着得到零尾后，就将零尾的气力作为驱动吴哥要塞的能源，让吴哥要塞成为自己的王座，见证天空霸主空忍村的复兴。
可是持续两个噩耗传来，令他一蹶不振，王图霸业一场空。最重要的是，他老了，所剩时间不足以再次暗中将空忍村发展起来，所以雄心不再。
第二场中忍测验后，对空忍村有所关注的大蛇丸按图索骥找上门，与之密谈。
本来，大蛇丸早年和神农有段渊源。神农曾传授大蛇丸再生之禁术，但这只是草创阶段的不完整的忍术。
大蛇丸研究这个不完整忍术已经大有所获，他之所以得到异乎凡人的壮大生命力，这个忍术也是功不可没。他信任多年过往，原主人神农应当完善了这个忍术，而且与他的研究方向确定会有所差别，对他而言很有价值。
大蛇丸很期待神农的完善忍术能带给他足够的惊喜，所以垂涎不已。
并且顺便邀请神农一起对付木叶村。敌人的敌人
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