后来郑芝龙降清，施琅也就跟着降了清。 郑芝龙被多驿押送去了顺天府后，各地闽系将领群龙无首，一度陷入混乱。 而当时，李成栋突然反正，降了隆武朝，任广东将军，施琅便转入李成栋的麾下，率部进入广东，接受改编，被分配到饶平驻兵。 隆武朝灭亡后，郑成功改投永历，李成栋又归入了郑成功麾下，于是，施琅名义上成了郑成功的兵。 几个月前，郑成功执意收复福建，举十余万大军，一度攻至福州城，然而因战略欠当、指挥不力，竟十几天无力攻克仅万余守军的福州城，被从浙江温州、江西赶来增援的清军合围，遭遇大败，所部崩溃，四下逃散，损兵折将超过六成。 这场大败，使得时任广东将军的三姓家奴李成栋，率部再次反转降了清，造成的后果是，大半个广东被清军收入囊中。 驻守饶平的施琅，原本已经接受李成栋的命令，跟随降清的。 可李成栋不放心哪，施琅原是郑芝龙的部将，如今郑成功一部在揭阳，如果驻守饶平的施琅与揭阳郑成功部暗中联通，南北合击，那潮州府就不保了。 与其坐以待毙，不如先下手为强。 于是李成栋命令潮州总兵郝尚久所部缴了施琅的械，同时派人向施琅传令，令施琅缴械投降。 注意，不是剿灭，是缴械。 然而，郝尚久与施琅之间有些私仇，一省之地，各部军队一会是明军，一会投清成了清军，转眼过几天又成了明军，恐怕是连士兵都不明白自己究竟是什么军了。 所以，军队之间的互斗成了常态，仇怨就是这么结下的。 郝尚久在接到命令后，动了歪心思，他一边集结兵力，一边人联络施琅，说只要主动来海阳缴械，接受改编，可以避免大动兵戈。 施琅信了，率部从饶平前往海阳城，不想郝尚久早已在凤凰山一带埋下伏兵，在施琅率部经过之后，伏兵截断了施琅退路，同时，郝尚久率主力迎面突袭了施琅。 施琅部三千多人，被打得晕头转向，好在施琅作战确实有些本事，率数百嫡系不退反进，生生以正面突围的方式，击穿了郝尚久主力的阵线。 突围后，施琅面临着艰难的选择，是束手就缚，向李成栋请罪呢，还是前往揭阳投靠郑成功呢？ 此次被郝尚久伏击，施琅两个族弟施肇琏、施肇序为掩护他战死。 生而为人，此仇必报！ 再三权衡、思忖之后，施琅终于做出决定，率残部前往揭阳，投靠郑成功，誓言反清。
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