登莱新军控制浙江以及北直隶境内漕运码头的进展速度很快，快的有些出乎了卢发轩的预料，本来以为地方官府可能插手其中干涉，但这样的情况没有出现，后来卢发轩总算是明白了，地方官府的利益没有遭受任何的损失，漕粮依旧是地方官府收购，他们依旧能够从中盘剥到钱财，至于说谁来管控漕运码头，与他们的关系不是太大，再说了，浙江以及南直隶一带，都知晓登莱新军骁勇，就连皇上和朝廷都不大干涉登莱新军的诸多事宜，地方官府也就没有必要自找麻烦了。
漕运贯通之后，漕粮源源不断的运送到北直隶，京城以及北直隶缺粮的问题很快得到解决，形势也基本稳定下来，如此情况之下，没有谁会跳出来弹劾蓟辽督师吴宗睿以及登莱新军，他们可不会自讨无趣。
乔明俊也开始了全面的安排部署，麾下的五万登莱新军将士，不仅要驻守浙江、南直隶和北直隶诸多的漕运码头，还要驻守江北四镇三州的诸多地方，兵力方面不是特别的充足，要知道漕运兵丁高峰时期，兵力达到了十三万人，他们仅仅只是驻守漕运码头。
按照吴宗睿的要求，乔明俊经过仔细的思索之后，明确了漕运码头驻守军士的数量，杭州、淮安、德州以及天津这些地方，属于大型的漕运码头，驻扎两千登莱新军的将士，其余的漕运码头驻守一千登莱新军将士，这样驻扎漕运码头的军士接近三万人，剩余的军士，重点驻扎在淮安府城、徐州州城、庐州府城等地，兼顾辖下的县城，至于说凤阳府城，因为其特殊的地位，暂时没有派驻登莱新军进驻。
仅仅用了半个月的时间，登莱新军全部安排部署到位。
江北四镇三州的地方官府，同样没有什么反弹的情绪，反正驻扎本地的登莱新军，没有插手官府的任何事宜，与他们没有太大的关系，相反，登莱新军进驻府州县，能够迅速稳定地方的局势，地方官府高兴还来不及。
登莱新军驻扎到位之后，卢发轩随即开始全面整改漕运之中的弊端。
吴宗坤兼任山东巡抚，曾永忠也抵达济南府城，协助吴宗坤管辖山东的所有事宜，戴明杰出任登州知府，实际负责登州和莱州的诸多事宜，行使登莱巡抚的职责。
安排完毕江北四镇三州以及漕运的诸多事宜，吴宗睿也回到了山东。
廖文儒则是直接回到了锦州，开始统领驻扎辽东的登莱新军。
离开淮安府城的吴宗睿，对于江北四镇三州的局势没有完全放心，他还有一个最为重要的事情没有处理，那就是整顿江北四镇三州各级官府的问题。
马上能够打天下，但马上不能够治理天下，这一点吴宗睿很清楚。
登莱新军掌控的登州、莱州以及辽东各地的官府，诸多官吏的理念早就改变了，至少他们明白，官府必须实实在在的为老百姓做事情，解决老百姓的困难，如若不然，地方官府和他们这些官吏就是不合格的，近半年时间过去，山东各地的官府，官吏的思想也在逐渐的改变，卢发轩曾经强力的整顿，那些鱼肉百姓、一心就想着自身利益的官吏，悉数被清除出去，这也迫使诸多的官吏做出根本性的改变。
不过在南直隶，在江北的四镇三州，改造和整顿地方官府的难度要大很多。
无他，南直隶读书人居多，士大夫家族居多，在朝中为官之人同样很多，这些势力盘根错节，有着共同的利益和在地方上的特权，他们做任何的事情，首先想到的就是自身的利益，他们甚至能够直接控制地方官府。
譬如说吴宗睿在登州、莱州、辽东和山东等地强力推行的市舶司，专门用来征收商贸赋税，这一点在江北的四镇三州，举步维艰，南直隶的士大夫家族，与商贾紧密结合，几乎成为利益共同体，很多士大夫家族之人，早就抛却了斯文，直接做生意赚钱了，与之对应
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