高迎祥与马守应被凌迟处死的消息传来的时候，登莱新军正在进行大规模的改造。
吴宗睿得知高迎祥与马守应被凌迟处死，只是微微叹了一口气，朱由检这么做，表面上看是为了震慑诸多流寇的首领，其实还有泄愤的意思，毕竟高迎祥和马守应曾经率领流寇攻陷中都凤阳，毁掉了皇陵宫殿，还有兴龙寺。
吴宗睿的主要精力，都在登莱新军的改造之中。
骑兵营、步兵营、斥候营、神机营、执法营、后勤营、水师营等等，廖文儒和刘宁等人都能够理解，可是炮兵营让他们就感觉到奇怪，毕竟火炮都是归神机营调遣，没有必要单独设立，何况水师也拥有诸多犀利的火炮。
吴宗睿不仅仅要求炮兵营单独设立，而且还专门要求刘宁兼任炮兵营营指挥使，特谢拉、科雷亚和亨利等人出任炮兵营副指挥使。
廖文儒兼任骑兵营指挥使，罗典勇兼任步兵营指挥使，秦大龙兼任神机营指挥使，罗典召兼任斥候营指挥使，乔明俊兼任执法营指挥使，罗典明兼任后勤营指挥使，牛犇兼任水师营指挥使。
这样的调整幅度，可谓是空前的，意味着登莱新军朝着整合方面迈进了最为关键的一步。
大明朝廷的军队，分的很散，除开京城的京营和南京的京营，其余都是散乱的，包括卫所的军队，虽然朝廷对于卫所军队，以及各地的军队，都有一些具体的规定，但这些规定没有能够落到实处，而且地方的军队，建制不齐，绝大部分都是由步卒组成的。
吴宗睿对于登莱新军建制的彻底改造，是从实战的角度出发的。
不管是副将还是参将和游击将军，都需要有具体的职位，也就是需要兼任营指挥使，或者副指挥使，这样才有领兵的权力，除开廖文儒和刘宁两人，以总兵的身份，兼任登莱新军都督与副都督，其余人都是一样。
也就是说，总兵、副将等是军衔，都督、营指挥使等才是军职。
吴宗睿对于历史中的军衔和军职之分，历来有些头疼，其实这应该简单化，总兵、副将、参将和游击将军等等，有明确的品阶，那就是军衔，按照这个军衔来领取俸禄，符合朝廷的规定，也不至于让人茫然不知所措。
具体的军职则不一样。
这样做的好处是，对于那些有功劳、但是没有领兵作战能力的军官，可以在军衔上面予以明确，却不必让他们真正的领军作战。
登莱新军建制进行大规模的调整，必定震动全军。
整个登莱新军十万多军士，分设骑兵营、步兵营、斥候营、神机营、炮兵营、执法营以及后勤营，其中骑兵营三万六千人，分为四个卫，每个卫九千人，步兵营共计三万人，分设四个卫，每个卫七千五百人，炮兵营共计一万人，分为两个卫，每个卫五千人，水师营两万人，分为四个卫，每个卫五千人，后勤营六千人，神机营三千人，斥候营两千人，执法营一千人。
登莱新军设立都督、副都督，廖文儒出任都督，刘宁出任副都督。
都督以下，设立营指挥使、营指挥副使、卫指挥使、卫指挥副使、协领、副协领、千户、副千户、百户、总旗和小旗等等。
在军职的设立上面，吴宗睿同样没有创新，而是糅合了大明王朝的军职，适当的予以了调整，譬如说卫指挥使，应该是地方军队之中最高的职位设置，吴宗睿在卫指挥使的上面设立了营指挥使，同时在卫指挥使的辖下增加了协领的职位。
如此的设置就很清晰了，与大明朝廷的军队建制有一定的区别，但区别不是很大。
登莱新军重新调整建制的时候，吴宗睿最为关心的依旧是炮兵营，其次是后勤营。
至于说骑兵营、步兵营和斥候营等等，已经有成熟的建制，倒是不需要过多关心。
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